Pada awalnya MAN 3 Bireuen berasal dari PGA 4 tahun, yang letaknya digedung Yayasan  Al Muslim Peusangan dibawah pimpinan Abdullah Rasyid.Kemudian dari PGA 4  berubah nama menjadi SP IAIN pada tahun 1969, yang letaknya di yayasan   Al Muslim Peusangan dibawah pimpinan M.Ali Amin. Dan pada tanggal 16 Maret 1978 berubah nama menjadi MAN Peusangan Matangglumpangdua. Dan pada tanggal 17 November 2016 berubah kembali menjadi MAN 3 Bireuen.

Kurikulum yang digunakan pada saat itu 65% bidang Agama 35 % bidang Umum, kemudian ditukar menjadi 35 % Bidang Agama dan 65 % Bidang Umum.

Sejak berdirinya hingga sekarang MAN 3 Bireuen Matangglumpang Dua dipimpin oleh Kepala-kepala Madrasah sebagai berikut :

1. Drs. M. Sufjan Hasan Periode tahun 1979 s/d 1990
2. Drs. A. Rahman Majid Periode tahun 1990 s/d 1996
3. Razali A. Samad, S.Ag BA Periode tahun 1996 s/d 2000
4. Drs. M. Yunus Periode tahun 2000 s/d 2005
5. Drs. M. Yusuf, M.Pd Periode tahun 2005 s/d 2011
6. Azhary, S.Ag, M. Pd Periode tahun 2011 s/d 2012
7. Drs. Rusydi Periode tahun 2012 s/d 2015
8. M. Nasir, S.Pd Periode tahun  2015  s/d 2021
9. Drs. Ridlwan, M.Pd Periode tahun 2021 s.d sekarang